Le Winx Club revient à Alféa pour y enseigner. Elles découvrent Believix, une nouvelle transformation qui permet de convaincre quelqu'un de croire en la magie. Believix leur offre également trois nouvelles ailes qui les rendront plus puissantes : Speedix (amélioration de vitesse), Zoomix (téléportation) et Tracix (aide visuelle). Elles rencontrent également les Wizards du Cercle Noir, un groupe de bandits voulant mettre la main sur la dernière fée de la Terre afin d'acquérir le pouvoir absolu. Le Winx Club se rend sur Terre pour localiser et protéger la dernière fée. Avec l'aide de Vanessa, elles ouvrent une animalerie appelée Love & Pet qui sera comme leur deuxième maison, et se lient d'amitié avec Roxy, employée du Frutti Music Bar. Le Winx Club apprend que Roxy est la dernière fée sur Terre et fait tout pour la protéger des Wizards. Roxy découvre alors ses nouveaux pouvoirs, acquiert son Believix et aide le Winx Club à repousser les Wizards. Vaincus, ces derniers se tournent vers le Cercle Blanc, un anneau magique dans lequel les fées de la Terre étaient enfermées. Le Winx Club finit par les libérer, déjouant une fois de plus les plans des Magiciens. Elles doivent désormais affronter les fées de la Terre en colère, voulant se venger des hommes qui les ont emprisonnées. Confronté à une telle force, le Winx Club est forcé de s'allier aux Wizards au cours d'une course qui décidera du sort de l'humanité. Le Winx Club triomphera-t-il ? Seul l'avenir nous le dira...

De retour à Alféa pour la troisième année, les membres du Winx Club découvrent Enchantix, des transformations uniques obtenues après s'être sacrifiées pour quelqu'un de leur propre monde. Pendant ce temps, les Trix s'échappent de la dimension Omega, où elles y étaient bannies, aux côtés de Valtor, sorcier en partie responsable de la destruction du royaume d'origine de Bloom, Domino. Elles décident de coopérer et envisagent d'envahir plusieurs parties du royaume de Magix. Pour se venger de ceux qui les ont emprisonnées, elles comptent dérober les trésors magiques et les sources de pouvoir de chaque royaume. Seul le Winx Club peut mettre un terme à leurs plans maléfiques !

Après les vacances d'été, le Winx Club retourne à Alféa pour y effectuer leur deuxième année. Elles rencontrent une nouvelle fée, Layla, qui a besoin de leur aide pour secourir ses amies Pixies retenues prisonnières par Lord Darkar, le Phoenix de l'Ombre... Pour prendre possession du royaume magique, il doit découvrir l'emplacement de leur village afin d'y dérober les quatre pièces du codex qui lui permettront d'ouvrir le portail du Royaume de Realix, renfermant le pouvoir ultime... Les Trix rencontrent également Lord Darkar, à qui elles jurent fidélité. Au cours de leurs aventures, les amies découvrent le Charmix. Un nouveau "professeur" arrive à Alféa et transforme Bloom en Dark Bloom afin de servir Lord Darkar. Aidé par Dark Bloom, il parvient à ouvrir le portail du Royaume de Realix. Tout semble perdu... Au dernier moment, Sky avoue ses sentiments à Bloom qui revient alors à son état normal. Elle parvient alors à guérir tout le monde et triomphe de Lord Darkar. Après le combat, tout le groupe retourne à Alféa et organise une grande fête ! Layla rejoint le Winx Club tandis que Stella a un projet de mode en tête...